金剛薩埵的心咒叫作「百字明」，是藏傳佛法四大教派都要求完成的學佛歷程中的基本功課「四加行」之一，其內容是帶領眾生發大菩提心，可以幫助大家消除無始劫以來所積累的惡業罪障，生出無量福德智慧。修習任何法門之後，如果加誦此咒語數遍作為懺罪的結尾，修法時即使偶有過失、錯誤、遺漏之處，諸天護法也不會怪我們。

因為百字明咒算有點長，怕一般人無法深記，菩薩慈悲於是取精華，才有現在短的心咒。

懺除業障，懺除業障最有針對性、最有效、最殊勝的方法即是祈禱金剛薩埵佛，這是金剛薩埵殊勝願力的緣故。