4月9日下午，中共奧運火炬主辦方與舊金山市政府，因抗議激烈，臨時改變路線，原來的奧火傳遞路程被縮短了一半，第一棒接力手更是一度消失半個小時。沿途5火炬手退出奧火傳遞,原定閉幕儀式也已經取消。

火炬接力1點10分在舊金山海灣邊的48號碼頭舉行點火儀式，儀式持續五分鐘，原定沿海濱的英巴克德諾大道南行6公里，最終到達傑斯汀·荷曼廣場舉行結束儀式。在英巴克德諾大道沿路聚集了大量的抗議、歡迎以及觀看的民眾，在傑斯汀·荷曼廣場更有數千人等待火炬的來臨。

第一位接過奧運火炬的女選手，跑入了48號碼頭的一個倉庫型建築後，火炬失去蹤影，在各方都在猜測火炬去處的25分鐘後，一輛大巴士在警察摩托的引導下開出建築，尾隨的警車有5-6倆，遠離英巴克德諾大道而去。

10分鐘後，車隊在兩公里外的佛納斯大道和潘恩大道停下來，大約30個騎警排成左右兩列，再外由另外約40位步行的警察又分成兩列，火炬手由約8位身著運動衫的中外特警圍繞，開始接力傳遞。此時周邊除了路過的路人之外，不再有為奧運火炬而來的觀眾。