在21世紀初，人類因全球暖化的影響而失去了大半的陸地。此時，在世界各地突然出現了搭載著神秘超兵器、真面目不明而被人類稱為「海霧艦隊」的戰艦群，以壓倒性戰鬥力把人類驅逐出海洋，切斷各大陸與島嶼之間的聯繫，令人類的文明和繁榮大幅衰退。對「海霧艦隊」毫無招架之力的人類雖然失去了製海權，但並未放棄重新成為海洋的主人、在海洋上自由航行的打算，一直謀劃著對「海霧艦隊」反擊的「大反攻」之日。故事始於被稱為「大海戰」的人類和「海霧艦隊」首次交戰並慘敗的17年後，原士官候補生千早群像與其同伴們搭上叛離「海霧艦隊」的潛水艦「伊401」，並與「伊401」的心智模型「伊歐娜」一起接受突破「海霧艦隊」的海洋封鎖、運送人類反擊的希望的委託。人類與海霧艦隊間的戰火再次展開。